这里我们以二维材料表面吸附结构为例，只计算吸附相关的原子的频率。对于三维、一维体系，完全类似。

频率的计算，是通过计算该构型下，能量对每个原子的二阶导数得到。因此谈不上什么“固定某些原子”！关心哪些原子的振动情况，就计算这些原子的二阶梯度。如果不理解为什么如此，应学习相关课本。

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将需要计算频率的原子，创建为一个Region：

注意，参数的设置，参考：【入门基础教程】单点计算与BAND的基本参数设置。另外，频率计算实际上是一个“单点”计算，因此设置“冻结”原子，毫无意义。

SCM - Spetra可以看到各个波数不为0的振动模式，都是关于指定原子的。