在ADFinput窗口，支持对指定原子修改颜色、大小。步骤如下：

1. 按住shift键，选中要修改的原子；
2. 右键点击某个被选中的原子 > Details (Color, Radius, Mass, …) 出现如图所示右边的窗口：
3. 点击颜色框，为选中的原子分别设置颜色，设置颜色的时候，颜色窗口顶部有五种颜色模式，用户可以根据自己的需要选择，例如本例选择最后一种彩笔模式
4. 指定颜色后，四个元素虽然都是一样，但其中两个显示为指定颜色