首先我们需要知道我们关心的少数几个原子的编号，一般在建模的时候，可以检查一下，例如：

在AMSInput窗口，Model - Coordinates列表里面可以看到具体原子的序号。

Movie - View - Details(Color,Radius,Mass,…)中选中对应原子，为他们设定特殊的颜色：

这样在Movie中就可以比较方面的追踪了。

Movie中，某一帧里面，例如我们细微标记CH4中的C元素，以及CH3中的C元素。

Movie → MD Properties → Molecules，在关心的当前帧，点击右上角Show按钮，确保所有原子都不显示，然后单独只勾选CH4，这样就只显示CH4：

然后选中其中一个CH4的C原子，然后菜单栏Select → Select Atoms of Same Type，然后菜单栏View → Details：

点击如上图所示，其中一个被选中的C原子的颜色，例如改为蓝色，然后右键点击该蓝色框，将弹出提示： 点击Yes：

则所有C原子都改成了蓝色。 类似，只显示所有CH3，然后修改即可。

另外也可以通过为某一类分子设置region，在Movie中也可以对这类分子特别显示，参考：设置region并在Movie中标记该region