这是本文档旧的修订版!
ReaxFF增加了一个功能,允许用户指定一个弹性墙壁,原子穿越该墙壁,需要较高能量,用户可以设置墙壁的宽度、高度(以能量为单位)。原子撞击到墙壁的时候会被弹回,但墙壁本身不是由原子组成,就是一个纯粹的势垒而已。
基本的建模、参数设置与一般的MD模拟没有差别。建模的时候,设置了Lattice是30*30*30埃3,水分子均匀分布在其中:
之后,修改晶格为35*35*35埃3,ADFinput > View > Axis显示坐标,可以看到水分子集中在-15~15埃之间,xyz方向均如此(这很重要,因为设置墙壁的坐标和这个坐标是匹配的),如下图所示:
我们来尝试设置一个六面封闭的墙,围住这些水分子。打开*.run文件,找到如下字段:
cat > geo <<eor BIOGRF 200 DESCRP ****
在这部分字段下面增加内容如下:
EWALL RESTRAINT 1 -17.5 2.5 300.0 EWALL RESTRAINT 2 -17.5 2.5 300.0 EWALL RESTRAINT 3 -17.5 2.5 300.0 EWALL RESTRAINT 1 17.5 2.5 300.0 EWALL RESTRAINT 2 17.5 2.5 300.0 EWALL RESTRAINT 3 17.5 2.5 300.0
表示增加了六面“墙壁”,其中1、2、3表示x、y、z轴方向,2.5表示墙的厚度的一半,300.0表示墙的高度为300.0kcal/mol。例如:
EWALL RESTRAINT 1 -17.5 2.5 300.0
表示在垂直于x轴,在垂直于x=-17.5的位置,有一个“墙壁”,厚度为2.5埃(由于30埃增加了5埃,这5埃就是墙的厚度),高度为300.0kcal/mol。这个值越大,原子越难以穿越。