这是本文档旧的修订版!
这里我们用一个简单的例子来演示径向分布函数与扩散的关系。径向分布函数简单的说,是用来描述原子或分子间距的分布情况的一个函数,横坐标是间距,纵坐标是分子子对或原子对处于该间距的相对几率。例如对标准晶体,原子的径向分布函数会有一些尖锐的峰,这些峰的横坐标就是各种原子间距值。峰与峰之间的y值为0,即表示没有原子之间的间距为这些值。
这里首先在Builder中,以较小的Cell填充适量的庚烷,然后直接将Cell尺寸改大到50埃,然后在Model → Region中去掉出现的Region,然后在Builder中只添加1300水分子,如此庚烷与水是分离开的。
SCM → Movie,点击默认出现的能量曲线,del键删除。然后菜单栏MD Properties → RDF进入RDF设置窗口。
选中一个C原子,然后菜单栏Selection → Select atoms of the same type从而选中所有C原子,然后ctrl m键选中这些C原子所在的分子,点击From atoms栏后面的加+号,然后Select → Invert selection反选所有原子,即所有水分子被选中。点击RDF窗口的To atoms栏后面的+号。如此设定好了要计算哪些分子之间的距离。
然后设置参数如下:
其中:
点击Replace RDF将生成RDF函数。菜单栏Graph → Save as XY,将该RDF函数保存为文本文件。该文本文件前面一段的内容可以删除,只保留后面的一段两列数据即可。
类似计算最后50帧的RDF数据,同样保存为文本文件。
由于两个数据横坐标是一致的,因此在Excel表格中,可以做出曲线比较(其中系列2是扩撒前的,系列1是扩撒后的):
可以看到扩撒后,短距离区域的RDF值大幅提升,表示两种分子较为充分地接触了,如果模拟时间足够长,RDF在这部分区域将进一步增大,直到平衡。