以-COOH为例。

1. 画出取代基的结构；
2. 选中锚原子（本例中是C原子）；
3. 点击“结构”按钮（苯环形状的按钮），Save As Structure…
4. 输入一个名字（注意不要有中文、空格），点OK保存；
5. 重新点击“结构”按钮，就可以看到该结构了，是以*.adf的格式保存的

如下图所示：

这个结构实际被保存到Structure文件夹内（点击“结构”按钮，Manage Structures可以看到）。