用户工具

站点工具

本页面的其他翻译:
  • zh

adf:connectrkf

这是本文档旧的修订版!


如何合并两次分子动力学轨迹

以下内容针对AMS2022及其以上版本。

一般来说,我们可能进行一次分子动力学模拟过程中,因为某种原因而中断了模拟,从而我们在Model → MD中Initial velocities选择From File,读取*.results/ams.rkf,并在底部Restart from也读取该文件,从而实现原子运动速度、坐标的连续性。然后另存一个作业,运行后,作业2可以认为是严格的作业1的延续。

但是这样对我们的分析就带来了不便,因此我们可能希望将两个作业的ams.rtkf文件(轨迹文件)连接起来,像一个连续的作业一样。

这里,我们提供一个Python脚本,实现这样的功能。使用方法如下:

  1. 下载该压缩包并解压,得到*.py文件,将*.py文件放入两个作业所在文件夹中
  2. 用记事本(Windows系统),或者vi(Linux系统)修改*.py文件中“filenames = ['01.results/ams.rkf','02.results/ams.rkf']”这一行,将01和02替换为具体作业的名字,或按顺序输入两个作业的ams.rkf文件的完整路径
  3. 在命令行(Win系统:AMSjobs进入作业所在路径 → Help → Command-line 输入sh回车)输入amspython concatenate_smart.py回车,稍等即可生成一个新的ams.rkf文件,即合并后的轨迹文件。
adf/connectrkf.1670932717.txt.gz · 最后更改: 2022/12/13 19:58 由 liu.jun

© 2014-2022 费米科技(京ICP备14023855号