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水分子的 LUMO 轨道可视化

在本教程中,您将学习如何可视化分子轨道。以水分子为例,您将可视化其 LUMO 轨道。具体步骤是:

提示

本教程使用特定版本的QuantumATK创建,因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别,请在学习时务必注意。

构建分子

1. 打开 QuantumATK,点击 Create New 创建新项目。填写项目 Title (此处为:“Water_LUMO”),选择存储数据的文件夹,然后依次点击 OKOpen 打开项目。

2. 在 QuantumATK 的主窗口,点击 按钮打开 Builder

3. 在 Stash 区域,点击 Add New Configuration。一个氢原子将出现在 Stash 区和 Builder 的预览窗口。

4. 点击 Coordinate Tools Translate。勾选 Copy 选项,将 Z 值增加到 1 Å,点击 Apply 按钮 2 次用以再添加 2 个氢原子。

5. 转到预览窗口,按下 Ctrl + R 组合键使视图居中,选中位于中间的原子,利用工具栏的 Modify Element 工具将其替换为氧原子。

6. 在按住键盘上 Ctrl 键的同时单击鼠标左键选中所有原子,选择 Coordinate Z-matrix设置如下图所显示的距离和角度(H-O 距离为 0.972278 Å,H-O-H 角度为 102.75°)

您现在已经从无到有的创建了水分子!

注意

当然完全没有必要每次都从头开始创建结构。除此之外,您还可以从 Database 导入结构。

  • Stash 区,选择 Add From Database。
  • 在菜单中点击 Databases Molecules,搜索窗口中搜索 “Water”
  • 选中 “Water” 双击或用 按钮将其添加到 Stash

计算 LUMO 轨道

1. 在 Builder,点击最右下角的 ,选择 Script Generator

2. 在 Scripter,双击屏幕左侧模块栏的按钮添加如下图所示的模块。

3. 转到 Global IO,利用 按钮给您的输出结果设置一个合适的存储位置和 NetCDF 文件名称。本例中,保存文件为 Water_LUMO.nc

4. 现在,双击 Eigenstate 模块并编辑:

由于水有8个价电子(每个氢有一个,氧有六个;两个 1s 电子是QuantumATK中伪代码的一部分),将有4个占有态,每个都由于自旋无关的计算而双重简并。因此,设置 LUMO 轨道的量子数为 4。

5. 为了运行计算,使用 Send to 按钮将脚本发送到 Job Manager。然后在随即出现的窗口中保存脚本。

6. 当 Job Manager 打开时,点击 运行脚本。

7. 运行脚本完成后(大约需要一分钟左右),转至 QuantumATK 主窗口中的 LabFloor,单击 NetCDF 文件的 tab 显示其中包含的对象。

8. 同时选中存储在 NetCDF 文件中的 EigenstateMolecularConfiguration(按住 Ctrl 键的同时单击鼠标左键),然后将它们拖放到 Viewer上,立即就会显示相应的图像。

9. 点击 OK,,接着再点击出现在下一个窗口中的 OK

10. 在 Viewer,点击 Properties

11.得到如下所示的图片,按以下操作:

关注

请注意 “$\pm$isovalue” 选项的使用。勾选时,它将把所有可用的等值范围分为两个同样大的区域,并以互补色绘制。

参考

英文原文:https://docs.quantumwise.com/tutorials/water_lumo/water_lumo.html