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Force Field:分子力场GFNFF、UFF、UFF4MOF、UFF4MOF-II、GAFF、Tripos、Amber、GAFF、构像搜索、机器学习势
一,模块介绍
二、教程
Force Field:分子力场GFNFF、UFF、UFF4MOF、UFF4MOF-II、GAFF、Tripos、Amber、GAFF、构像搜索、机器学习势
一,模块介绍
1,该模块包含经典有机、生物体系力场、GFNFF力场、机器学习力场等:
GFNFF:适用于元素周期表前6周期所有元素
UFF
UFF4MOF:专门用于MOF材料的模拟
UFF4MOF-II:专门用于MOF材料的模拟
GAFF:有机
Amber95:有机
Tripos5.2:有机
机器学习势:
ANI-1ccx:有机分子,只支持C、H、O、N,训练集为DLPNO-CCSD(T)/CBS
ANI-1x:有机分子,只支持C、H、O、N,训练集为ωB97-x/6-31G(d)
ANI-2x:有机分子,只支持C、H、O、N、F、S、Cl元素,训练集为ωB97-x/6-31G(d)
ALIGNN-FF:
如何安装使用?
CHGNet:
CHGNet详细介绍
。根据材料项目轨迹数据集(Materials Project Trajectory Dataset,MPtrj))的能量、力、应力和磁矩进行了预训练,该数据集包含 10 多年对超过 150 万个无机结构的密度泛函理论计算。明确包含磁矩使 CHGNet 能够学习并准确表示电子的轨道占据,从而增强其描述原子和电子自由度的能力,适用于如下元素(
如何调用?
):
M3GNet-UP-2022:适用于绝大部分元素(详见下表),关于该力场的简介参考:
M3GNet-UP-2022 简介
,适用元素:
用户自定义机器学习势(ParAMS训练力场只包括ReaxFF、Lennard-Jones、DFTB:GFN1-xTB,不含机器学习势)
2,功能:
单点计算(能量、能量梯度)
频率计算
结构优化
分子动力学
粘度
扩散系数
通过径向分布函数(RDF)考察扩撒情况
摩擦系数
3,适用的体系:
非周期性体系
一维周期性体系
二维周期性体系
三维周期性体系
二、教程
计算MOF材料的能量
寻找分子真实构型/多个异构体共存的分子的谱学性质的玻尔兹曼平均、生成*.coskf文件
通过非平衡分子动力学的热导率
深度神经网络机器学习势M3GNet(通用型)
机器学习力场 M3GNet(或 DFT)预测锂电池材料中锂嵌入势
机器学习势模拟化学反应
使用机器学习力场 M3GNe-UP-2022 计算内聚能
AMS图像处理-线性回归拟合曲线斜率
基于 GCMC 预测吸附等温线:CO$_2$ 在 IRMOF-1 中的吸附
复合模型(两块板间夹液体)的模拟