如何模拟升温-保温-降温-保温等过程

1,主面板的参数设置如下图所示:

需要注意:

2,设置温度区间:

如下图:

第一行设置,表示第0步开始,所有的原子,温度稳定为298K,在大约30fs内调整到该温度,之后温度保持不变,即温度变化梯度(dT)为0。

第二行设置,表示从2500步(也就是625fs)开始,温度从298K升高,升温速率达约0.05K/步,一直保持这个速率升温。那么到10000步时温度为773K。

第三行设置,表示升温到1万步(也就是2500fs)的时候,温度突变为398K左右,之后温度变化速率为0K/步。

第四行设置,表示从1.3万步(也就是3250fs)开始,温度从398K下降,下降速率为0.5K/步,负号表示下降。

Damp的设置不太重要,一般设置100fs以内,对结果影响不大。

脚本中的设置

图形界面中的这些设置,会自动更新到对应的*.run文件中,最后这个例子里面,*.run文件中,关于控温这部分的字段为:

cat > tregime.in <<eor
#Temperature regimes
#start #nzones at1 at2 T1 Tdamp1 dT1 ... 
0 1 1 1500 298.0 30.0 0.0 
2500 1 1 1500 398.0 30.0 0.05 
10000 1 1 1500 398.0 30.0 0.0 
13000 1 1 1500 298.0 30.0 -0.05 
eor