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分子动力学模拟,如何固定部分原子

AMS2019以及以前的版本

常规MD模拟或者结构优化参数设置中,增加如下设置即可:

选中需要固定的原子,Model → Geometry Constraints and PES Scan→ 点击 “Select atoms (fix position)”的➕

AMS2021以后的版本

以Si Slab与O2在1600K的模型为例,分子动力学模拟过程,我们固定中间两层Si原子。基本思想:选中要固定的原子,设置固定,然后将不固定的原子设置为一个region,然后在温度系综里面,为这些不固定的原子设置温度等条件。

具体操作

首先,选中需要固定的原子:

Model - Geometry Constraints and PES Scan,点击Selected atoms(fix position)前面的+:

菜单栏Select - Invert selection,从而所有不固定的原子被选中,Model - Regions点击加号,添加一个Region:

然后是常规分子动力学参数设置。设置力场:

设置步数:

点击Thermostat后面的>按钮设置恒温器(控制温度的算法,如果使用NVT系综,则只需要设置Thermostat而不需要设置Barostat):

注意这里修改了atom in region的设置,选择了不固定的那些原子。

如果是NPT系综,则还需要增加Barostat的设置(如果固定了原子,则这里恒压器算法只能选择Berendzen):

保存作业,并提交作业。

结果查看

SCM - Movie,可以看到设置固定的原子在MD过程中保持静止。