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--- atk:水分子lumo轨道可视化 [2018/07/16 22:19] – [计算 LUMO 轨道] xie.congwei
+++ atk:水分子lumo轨道可视化 [2018/09/10 09:29] (当前版本) – [计算 LUMO 轨道] xie.congwei
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 ====== 水分子的 LUMO 轨道可视化 ======
-在本教程中，您将学习如何可视化分子轨道。以水分子为例，您将可视化其 LUMO 轨道。具体来说，您将：
+在本教程中，您将学习如何可视化分子轨道。以水分子为例，您将可视化其 LUMO 轨道。具体步骤是：
   * 构建分子。
   * 估算在 DFT 水平上的单点计算。
   * 获得分子生成能谱并可视化 LUMO 轨道。
+<WRAP center info 100%>
+=== 提示 ===
+**本教程使用特定版本的QuantumATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。**
+</WRAP>
 ===== 构建分子 =====
-. 打开 **QuantumATK**，点击 **Create New** 创建新项目。填写项目 //Title// （此处为：“Water_LUMO”），选择存储数据的文件夹，然后依次点击 **OK** 和 **Open** 开启项目。
+. 打开 **QuantumATK**，点击 **Create New** 创建新项目。填写项目 //Title// （此处为：“Water_LUMO”），选择存储数据的文件夹，然后依次点击 **OK** 和 **Open** 打开项目。
-{{ :atk:1-create_new-20190716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:1-create_new-20190716.png?direct&700 |}}
-{{ :atk:115_20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:115_20180716.png?direct&700 |}}
 . 在 **QuantumATK** 的主窗口，点击 {{:atk:builder.png?direct&25|}} 按钮打开 **Builder**。
-{{ :atk:main_window-20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:main_window-20180716.png?direct&900 |}}
 . 在 **Stash** 区域，点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} New Configuration。一个氢原子将出现在 **Stash** 区和 **Builder** 的预览窗口。
-{{ :atk:213-20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:213-20180716.png?direct&800 |}}
 . 点击 Coordinate Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Translate。勾选 **Copy** 选项，将 Z 值增加到 1 Å，点击 **Apply** 按钮 2 次用以再添加 2 个氢原子。
-{{ :atk:35-20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:35-20180716.png?direct&800 |}}
-. 转到预览窗口，按下 ''Ctrl'' + ''R'' 组合键使视图居中，选中位于中间位置的原子，利用工具栏的 {{:atk:modifyelement02.png?25|}} **Modify Element** 工具将其替换为氧原子。
+. 转到预览窗口，按下 ''Ctrl'' + ''R'' 组合键使视图居中，选中位于中间的原子，利用工具栏的 {{:atk:modifyelement02.png?25|}} **Modify Element** 工具将其替换为氧原子。
-{{ :atk:44-20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:44-20180716.png?direct&800 |}}
 . 在按住键盘上 ''Ctrl'' 键的同时单击鼠标左键选中所有原子，选择 Coordinate {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Z-matrix设置如下图所显示的距离和角度（H-O 距离为 0.972278 Å，H-O-H 角度为 102.75°）
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 {{ :atk:54-20180716.png?direct&600 |}}
-{{ :atk:64_20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:64_20180716.png?direct&800 |}}
-您现在已经完全地从零开始创建了水分子！
+您现在已经从无到有的创建了水分子！
 <WRAP center important 100%>
 === 注意 ===
-当然完全没有必要每次都从头开始创建结构。除此之外，您还可以从 {{:atk:database.png?25|}} **Database** 导入构型。
+当然完全没有必要每次都从头开始创建结构。除此之外，您还可以从 {{:atk:database.png?25|}} **Database** 导入结构。
   * 在 **Stash** 区，选择 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} From Database。
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 . 在 **Builder**，点击最右下角的 {{:atk:sendto.png?direct&20|}}，选择 **Script Generator**。
-{{ :atk:6_send_to-20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:6_send_to-20180716.png?direct&800 |}}
-.在 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Scripter**，双击屏幕左侧模块栏的按钮添加如下图所示的模块。
+. 在 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Scripter**，双击屏幕左侧模块栏的按钮添加如下图所示的模块。
   * {{:atk:calculator.png?direct&25|}} New Calculator。
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   * {{:atk:analysis.png?direct&25|}} Analysis {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Eigenstate。
-{{ :atk:antes_script_icons-20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:antes_script_icons-20180716.png?direct&800 |}}
+{{ :atk:despues_script_icons-20180716.png?direct&800 |}}
+. 转到 **Global IO**，利用 {{:atk:global_IO_button1.png?25|}} 按钮给您的输出结果设置一个合适的存储位置和 NetCDF 文件名称。本例中，保存文件为 ''Water_LUMO.nc''。
+{{ :atk:name_global_io-20180716.png?direct&800 |}}
+. 现在，双击 {{:atk:analysis.png?direct&25|}} **Eigenstate** 模块并编辑：
+由于水有8个价电子（每个氢有一个，氧有六个；两个 1s 电子是QuantumATK中伪代码的一部分），将有4个占有态，每个都由于自旋无关的计算而双重简并。因此，设置 LUMO 轨道的量子数为 4。
+{{ :atk:84-20180716.png?direct&400 |}}
+. 为了运行计算，使用 {{:atk:sendto.png?direct&20|}} **Send to** 按钮将脚本发送到 {{:atk:job_manager.png?direct&25|}} **Job Manager**。然后在随即出现的窗口中保存脚本。
+{{ :atk:94-20180716.png?direct&600 |}}
+. 当 **Job Manager** 打开时，点击 {{:atk:arrow.png?direct&5|}} 运行脚本。
+{{ :atk:103-20180716.png?direct&800 |}}
+. 运行脚本完成后（大约需要一分钟左右），转至 **QuantumATK** 主窗口中的 **LabFloor**，单击 NetCDF 文件的 {{:atk:tab.png?25|}} tab 显示其中包含的对象。
+{{ :atk:116-20180716.png?direct&800 |}}
+. 同时选中存储在 NetCDF 文件中的** Eigenstate** 和 **MolecularConfiguration**（按住 ''Ctrl'' 键的同时单击鼠标左键），然后将它们拖放到 {{:co:viewer.png?direct&25|}} **Viewer**上，立即就会显示相应的图像。
+{{ :atk:to_the_viewer-20180716.png?direct&800 |}}
+{{ :atk:124-20180716.png?direct&800 |}}
+. 点击 **OK**,，接着再点击出现在下一个窗口中的 **OK**。
+. 在 **Viewer**，点击 **Properties**。
+{{ :atk:134-20180716.png?direct&800 |}}
+.得到如下所示的图片，按以下操作：
+  * Scene Properties {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Scene，不勾选 //“Compass enabled”//。
+  * Scene Properties {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Isosurface，设置 Isovalue 为 0.087。
+  * Scene Properties {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Isosurface，设置 Rendering style 为 Lines。
+  * Scene Properties {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Atoms，设置 atoms 和 bonds radious 分别为 0.25 和 0.05。
+{{ :atk:scene_properties-20180716.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:molec_configuration-20180716.png?direct&800 |}}
+<WRAP center todo 100%>
+===关注 ===
+请注意 “$\pm$//isovalue//” 选项的使用。勾选时，它将把所有可用的等值范围分为两个同样大的区域，并以互补色绘制。
+</WRAP>
-{{ :atk:despues_script_icons-20180716.png?direct&600 |}}
 ===== 参考 =====
+英文原文：[[https://docs.quantumwise.com/tutorials/water_lumo/water_lumo.html|https://docs.quantumwise.com/tutorials/water_lumo/water_lumo.html]]

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