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adf:valuealongline2020

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adf:valuealongline2020 [2021/09/27 22:34] – [基本设置] liu.junadf:valuealongline2020 [2024/05/30 09:48] (当前版本) – [分子体系中，物理量沿某个方向的数值分布] liu.jun
行 1: 行 1:
-======分子体系中，物理量沿某个方向的数值分布======+======函数沿某个方向的数值分布======
 使用densf和adfreport，可以输出密度、动能密度、Laplacian、密度梯度、密度Hessian、静电势、分子轨道、NOCV轨道、NCI、SEDD在空间，沿着某个方向的数值分布。 使用densf和adfreport，可以输出密度、动能密度、Laplacian、密度梯度、密度Hessian、静电势、分子轨道、NOCV轨道、NCI、SEDD在空间，沿着某个方向的数值分布。
  
-这里以$F_2$的电子密度沿着键的方向的分布为例：+这里以F<sub>2</sub>的电子密度沿着键的方向的分布为例：
  
 =====基本设置===== =====基本设置=====
行 8: 行 8:
 注意由于显示函数数值的空间分布，需要确定的坐标，因此建模的时候，原点在什么地方，xyz轴的方向，都需要非常清楚。 注意由于显示函数数值的空间分布，需要确定的坐标，因此建模的时候，原点在什么地方，xyz轴的方向，都需要非常清楚。
  
-Input - View -Axes显示坐标系。选中两个F原子，Edit - Align - with z-Axes），设置键的方向为z轴。然后选中两个F原子，Edit - Set Origin），设置$F_2$中心为原点：+Input - View -Axes显示坐标系。选中两个F原子，Edit - Align - with z-Axes），设置键的方向为z轴。然后选中两个F原子，Edit - Set Origin），设置F<sub>2</sub>中心为原点：
  
 {{ :adf:valuealongline01.png?650 }} {{ :adf:valuealongline01.png?650 }}
行 33: 行 33:
 ====1，输入、输出==== ====1，输入、输出====
   * inputfile D:\ADF_DATA\spinor.results\adf.rkf，表示读取当前任务生成的*.results\adf.rkf(即旧版的*.t21文件)，作为输入，注意路径要正确   * inputfile D:\ADF_DATA\spinor.results\adf.rkf，表示读取当前任务生成的*.results\adf.rkf(即旧版的*.t21文件)，作为输入，注意路径要正确
-  * outputfile D:\ADF_DATA\spinor.results\adf.t41，表示计算输出，保存在哪个文件中，双击这个文件就可以用KF Browser打开+  * outputfile D:\ADF_DATA\spinor.results\adf.t41，表示计算输出，保存在哪个文件中，双击这个文件就可以用**KF Browser**打开
 ====2，指定需要打印的坐标==== ====2，指定需要打印的坐标====
 <code bash> <code bash>
行 46: 行 46:
 <code bash> <code bash>
 Density SCF Density SCF
-eor 
 </code> </code>
 Density SCF表示保存电子密度自洽迭代后得到的数值，如果是Density frag，则表示保存的是片段的电子密度直接加和的值。 Density SCF表示保存电子密度自洽迭代后得到的数值，如果是Density frag，则表示保存的是片段的电子密度直接加和的值。
行 61: 行 60:
 END END
 </code> </code>
-表示分别计算"HOMO-1"~"LUMO+1"，总共4个轨道，在指定格点上到数值。在+表示分别计算"HOMO-1"~"LUMO+1"，总共4个轨道，在指定格点上的数值。当然也可以用HOMO-8，HOMO-100，LUMO+11之类，控制打印范围。
 ====4，结果查看==== ====4，结果查看====
 用户在AMSJobs窗口双击对应的*.41文件，之后在打开*.t41文件的窗口中，点击菜单栏File > Expert Mode可以看到生成了那些数据。其中电子密度的数据在“SCF"这一栏中，点开可以看到对应的轨道序号数字，点开即为轨道在指定格点的值： 用户在AMSJobs窗口双击对应的*.41文件，之后在打开*.t41文件的窗口中，点击菜单栏File > Expert Mode可以看到生成了那些数据。其中电子密度的数据在“SCF"这一栏中，点开可以看到对应的轨道序号数字，点开即为轨道在指定格点的值：
行 70: 行 69:
  
 {{ :adf:valuealongline03.png?550 }} {{ :adf:valuealongline03.png?550 }}
 +
 +**注意这里数据的单位是原子单位波尔，1 bohr= 0.52917721067 Å**
 ====可打印的数据列表==== ====可打印的数据列表====
 所有可以显示的物理量的名字列表如下(电子密度、动能密度、Laplacian、密度梯度、密度Hessian、势、分子轨道、NOCV、NCI、SEDD，其中势可以根据其后的参数，设定为静电势或者交换相关势等)： 所有可以显示的物理量的名字列表如下(电子密度、动能密度、Laplacian、密度梯度、密度Hessian、势、分子轨道、NOCV、NCI、SEDD，其中势可以根据其后的参数，设定为静电势或者交换相关势等)：
行 86: 行 87:
  
 如果用户想打印的是NOCV def density，实际上可以先打印NOCV，得到的是“本征值*NOCV orbit的平方”。因此可以将NOCV pair相关的两个NOCV编号都打印出来，然后人工相加即可得到NOCV def density。 如果用户想打印的是NOCV def density，实际上可以先打印NOCV，得到的是“本征值*NOCV orbit的平方”。因此可以将NOCV pair相关的两个NOCV编号都打印出来，然后人工相加即可得到NOCV def density。
 +
 +====打印分子轨道的一个例子：====
 +<code>
 +#!/bin/sh
 +
 +"$AMSBIN/ams" << eor
 +
 +Task SinglePoint
 +System
 +    Atoms
 +        O 0.0 0.0 0.745 
 +        O 0.0 -0.0 -0.745 
 +    End
 +    BondOrders
 +         2 1 1.0
 +    End
 +End
 +
 +Engine ADF
 +    Basis
 +        Type DZP
 +        Core None
 +    End
 +    SpinPolarization 2
 +    XC
 +        GGA BP86
 +    End
 +    Unrestricted Yes
 +EndEngine
 +eor
 +
 +$AMSBIN/densf << eor
 +inputfile D:\ADF_DATA\NormalTask\a.results\adf.rkf
 +outputfile D:\ADF_DATA\NormalTask\a.results\adf.t41 
 + 
 +Grid Save
 +  0.0  0.0 -1.0
 +301
 +  0.0  0.0  1.0  2.0
 +End
 + 
 +Orbitals scf
 +SIGMA.g 2
 +END
 +eor
 +</code>
 +其中
 +<code>
 +Orbitals scf
 +SIGMA.g 2
 +END
 +</code>
 +指定打印SIGMA.g不可约表示的第**2**个轨道。
 +
 +计算完毕，结果查看：
 +双击AMSJobs窗口文件列表中对应的*.t41文件，然后File - Expert Mode，可以在SCF_SIGMA.g_A ➡ **2**中看到301个数值，在z values ➡z values看到对应的坐标z值（注意原子单位bohr需要换算成Å）。另外这里打印的轨道是有正负相位的，用户也许更关心其平方（即密度），可以在excel中自行处理即可。
 =====参考资料===== =====参考资料=====
 https://www.scm.com/doc/ADF/Input/Densf.html https://www.scm.com/doc/ADF/Input/Densf.html
adf/valuealongline2020.1632753278.txt.gz · 最后更改: 2021/09/27 22:34 由 liu.jun

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