差别

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--- adf:temperaturecontrol [2016/07/04 15:30] – liu.jun
+++ adf:temperaturecontrol [2020/09/01 13:06] (当前版本) – [如何模拟升温-保温-降温-保温等过程] liu.jun
@@ 行 3: / 行 3: @@
 ，主面板的参数设置如下图所示：
-{{ :adf:reaxfftmp01.png |}}
+{{ :adf:reaxtmp01.png?650 }}
 需要注意：
-  * 总的步数一定是大于第二步中设置的步数。否则第二步的设置就没有意义了;
+  * Number of Iterations是MD模拟总的步数，一定是大于后面设置温度变化中设置的步数。否则第二步的设置就没有意义了;
-  * Main这一页里面设置的温度优先级低于第二步中温度区间里面设置的温度，因此在温度区间里面设置过的温度，则以温度区间的设置为准，没有设置过的时间里面，以Main里面设置的温度为准；
+  * Main > Temperature里面设置的温度优先级低于Model > Temperature Regime中温度区间里面设置的温度，因此在温度区间里面设置过的温度，则以温度区间的设置为准，没有设置过的时间里面，以Main里面设置的温度为准；
-  * 之所以选择NVT系综，是因为这个系综对于微观系统的稳定性比较好。并且，虽然是不断变温的过程，但每个温度台阶，实际上都是一个NVT系综。NPT系综不是很合适，具体可以参考[[adf:系综简述|]]
+  * 之所以选择NVT系综，是因为这个系综对于微观系统的稳定性比较好。并且，虽然是不断变温的过程，但每个温度台阶，实际上都是一个NVT系综。具体可以参考[[adf:selectmethodofreaxff|]]
 ，设置温度区间：
@@ 行 15: / 行 15: @@
 如下图：
-{{ :adf:reaxfftmp02.png |}}
+{{ :adf:reaxfftmp02.png?400 }}
-{{ :adf:tmpreaxff.png |}}
+第一行设置，表示第0步开始，所有的原子，温度稳定为298K，在大约30fs内调整到该温度，之后温度保持不变，即温度变化梯度（dT）为0。
-第一项，表示第0步开始，**在几百fs内**，温度稳定到298K上——这一项实际上和Main菜单的设置是一致的。如果不一致，实际上是以这里的为准。
+第二行设置，表示从2500步（也就是625fs）开始，温度从298K升高，升温速率达约0.05K／步，一直保持这个速率升温。那么到10000步时温度为773K。
-第二项，表示从1000步（也就是250fs）开始，**在几千fs内**，温度稳定到2398K。
+第三行设置，表示升温到1万步（也就是2500fs）的时候，温度突变为398K左右，之后温度变化速率为0K/步。
-第三项，表示从10万步（也就是25000fs）开始，**在几千fs内**，温度降低到1398K。
+第四行设置，表示从1.3万步（也就是3250fs）开始，温度从398K下降，下降速率为0.5K/步，负号表示下降。
-第四项，表示从20万步（也就是5万fs）开始，**在几千fs内**，温度降低到298K，**之后一直保持该温度，知道设定的模拟步数进行完毕**。
+Damp的设置不太重要，一般设置100fs以内，对结果影响不大。
+=====脚本中的设置=====
-Damp数字越大，表示升温越缓慢。但具体多慢，需要测试一下才知道。MD模拟，温度的控制，只是非常粗糙的控制。除非样本的数量越大，控制能够约准确。
+图形界面中的这些设置，会自动更新到对应的*.run文件中，最后这个例子里面，*.run文件中，关于控温这部分的字段为：
+<code bash>
-建议用户用简单的系统（例如100个水分子），测试一下升温的过程，究竟是怎么样的。模拟的温度变化，在logile中可以看到。在Movie > Properties > Tempertature可以看到温度变化曲线。
+cat > tregime.in <<eor
+#Temperature regimes
+#start #nzones at1 at2 T1 Tdamp1 dT1 ...
+1 1 1500 298.0 30.0 0.0
+1 1 1500 398.0 30.0 0.05
+1 1 1500 398.0 30.0 0.0
+1 1 1500 298.0 30.0 -0.05
+eor
+</code>

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