adf:partialhessian
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| 后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:partialhessian [2020/04/07 14:14] – 创建 liu.jun | adf:partialhessian [2023/07/09 12:56] (当前版本) – [基本参数设置] liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 3: | 行 3: | ||
| 这里我们以二维材料表面吸附结构为例，只计算吸附相关的原子的频率。对于三维、一维体系，完全类似。 | 这里我们以二维材料表面吸附结构为例，只计算吸附相关的原子的频率。对于三维、一维体系，完全类似。 | ||
| + | ====注意！==== | ||
| + | 频率的计算，是通过**计算该构型下**，能量对每个原子的二阶导数得到。很多人想象中，希望固定一些原子，使其不动，只计算一部分原子的振动，这只是一种错误、肤浅的感性的认知。 | ||
| + | |||
| + | 振动谱的计算，实际上并不计算运动状态，而是计算静止状态的力常数，因此根本谈不上什么“固定某些原子”，所有原子都是固定的！关心哪些原子的振动情况，就只计算这些原子的力常数（即，能量二阶梯度）。 | ||
| + | |||
| + | 如果不理解为什么如此，应学习相关弹性力学知识。 | ||
| =====模型===== | =====模型===== | ||
| [[adf: | [[adf: | ||
| + | |||
| + | 将需要计算频率的原子，创建为一个Region： | ||
| + | |||
| + | {{ : | ||
| =====基本参数设置===== | =====基本参数设置===== | ||
| + | |||
| {{ : | {{ : | ||
| - | 注意，参数的设置，参考：[[adf: | + | 注意，参数的设置，参考：[[adf: |
| {{ : | {{ : | ||
| - | |||
| - | 保存任务，在生成的*.run文件中，找到如下字段： | ||
| - | <code bash> | ||
| - | Properties | ||
| - | NormalModes Yes | ||
| - | End | ||
| - | </ | ||
| - | |||
| - | 在该字段中，插入如下一行： | ||
| - | <code bash> | ||
| - | SelectedAtomsForHessian 3 12 13 14 | ||
| - | </ | ||
| - | 其中数字3、12、13、14是原子编号，如果有更多原子，可以都将其列入。最终该字段变成如下： | ||
| - | |||
| - | <code bash> | ||
| - | Properties | ||
| - | NormalModes Yes | ||
| - | SelectedAtomsForHessian 3 12 13 14 | ||
| - | End | ||
| - | </ | ||
| =====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
| SCM - Spetra可以看到各个波数不为0的振动模式，都是关于指定原子的。 | SCM - Spetra可以看到各个波数不为0的振动模式，都是关于指定原子的。 | ||
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adf/partialhessian.1586240086.txt.gz · 最后更改: 2020/04/07 14:14 由 liu.jun