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adf:ewall

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adf:ewall [2019/11/05 22:27] – [参数设置] liu.junadf:ewall [2022/12/27 09:55] (当前版本) – [在ReaxFF中设置阻碍原子穿越的弹性墙壁] liu.jun
行 1: 行 1:
 ======在ReaxFF中设置阻碍原子穿越的弹性墙壁====== ======在ReaxFF中设置阻碍原子穿越的弹性墙壁======
 +**以下内容针对2019.3之前的版本。**2022以后的版本参考[[adf:applywallpotential]]
  
-ReaxFF增加了一个功能，允许用户指定一个弹性墙壁，原子穿越该墙壁，需要较高能量，用户可以设置墙壁的宽度、高度（以能量为单位）。原子撞击到墙壁的时候会被弹回，但墙壁本身不是由原子组成，就是一个纯粹的势垒而已。 +ReaxFF允许用户指定一个弹性墙壁，原子穿越该墙壁，需要较高能量，用户可以设置墙壁的宽度、高度（以能量为单位）。原子撞击到墙壁的时候会被弹回，但墙壁本身不是由原子组成，就是一个纯粹的势垒而已。
- +
-[[https://www.jianguoyun.com/p/DdRdtHIQmZ2ZBhj_9TA|本例的计算文件下载。]]+
  
 =====参数设置===== =====参数设置=====
  
-基本的建模、参数设置与一般的MD模拟没有差别；+基本的建模、参数设置与一般的MD模拟没有差别。建模的时候，设置了Lattice是30*30*30埃<sup>3</sup>，水分子均匀分布在其中：
  
-{{ :adf:ewall01.png?650 }}+{{ :adf:ewall00.png?650 }}
  
-<color blue>建模的时候，设置了Lattice是30*30*30埃<sup>3</sup>，水分子均匀分布在其中之后，修改晶格为60*60*60埃<sup>3</sup>，</color>ADFinput > View > Axis显示坐标，<color blue>可以看到水分子集中在0～30埃之间，xyz方向均如此（这很重要，因为设置墙壁的坐标和这个坐标是匹配的），</color>如下图所示：+{{ :adf:ewall00_2.png?650 }} 
 + 
 +<color blue>之后，修改晶格为35*35*35埃<sup>3</sup>，</color>ADFinput > View > Axis显示坐标**(请务必显示坐标轴，免得弄错原子的坐标范围)**，<color blue>可以看到水分子所有原子的坐标集中在-15～15埃之间，xyz方向均如此（这很重要，因为设置墙壁的坐标和这个坐标是匹配的），</color>如下图所示：
  
 {{ :adf:ewall02.png?650 }} {{ :adf:ewall02.png?650 }}
行 18: 行 19:
 <code bash> <code bash>
 cat > geo <<eor cat > geo <<eor
-BIOGRF 200+***GRF 200
 DESCRP **** DESCRP ****
 </code> </code>
 在这部分字段下面增加内容如下： 在这部分字段下面增加内容如下：
 <code bash> <code bash>
-EWALL RESTRAINT 1  -15.0  1.0  300.0 +EWALL RESTRAINT 1  -17.5  2.5  300.0 
-EWALL RESTRAINT 2  -15.0  1.0  300.0 +EWALL RESTRAINT 2  -17.5  2.5  300.0 
-EWALL RESTRAINT 3  -15.0  1.0  300.0 +EWALL RESTRAINT 3  -17.5  2.5  300.0 
-EWALL RESTRAINT 1  45.0  1.0  300.0 +EWALL RESTRAINT 1   17.5  2.5  300.0 
-EWALL RESTRAINT 2  45.0  1.0  300.0 +EWALL RESTRAINT 2   17.5  2.5  300.0 
-EWALL RESTRAINT 3  45.0  1.0  300.0+EWALL RESTRAINT 3   17.5  2.5  300.0
 </code> </code>
-表示增加了六面“墙壁”，其中1、2、3表示x、y、z轴方向，1.0表示墙的厚度的一半，300.0表示墙的高度为300.0kcal/mol。例如：+表示增加了六面“墙壁”，其中1、2、3表示x、y、z轴方向，2.5表示墙的厚度的一半，300.0表示墙的高度为300.0kcal/mol。例如：
 <code bash> <code bash>
-EWALL RESTRAINT 1  -15.0  1.0  300.0+EWALL RESTRAINT 1  -17.5  2.5  300.0
 </code> </code>
-表示在垂直于x轴，在垂直于x＝-15.0的位置，有一个“墙壁”，墙的位置是-15.0-1.0到-15.0+1.0，厚度为2.0埃，高度为300.0kcal/mol。这个值越大，原子越难以穿越。+表示在垂直于x轴，在垂直于x＝-17.5的位置，有一个“墙壁”，厚度为2.5埃（由于30埃增加了5埃，这5埃就是墙的厚度），高度为300.0kcal/mol。这个值越大，原子越难以穿越。 
 + 
 +**<color blue>不要照搬上述数值。理解其意义后，在根据自己的实际情况设置数值，墙的高度300kcal/mol可以设置的较为随意，例如保险起见设置很大：1000kcal/mol。</color>**
 =====注意===== =====注意=====
   - 确保没有分子在墙里面。   - 确保没有分子在墙里面。
-  - 凡是修改过*.run文件，就不能再在图形界面里面去保存任务了，否则图形界面会按照图形窗口里面的参数设置，重新覆盖掉这些手动修改过的内容。+  - 凡是修改过*.run文件，就不能再在图形界面里面去保存任务了，否则图形界面会按照图形窗口里面的参数设置，重新覆盖掉这些手动修改过的内容。直接运行任务即可。
 =====结果查看===== =====结果查看=====
 我们模拟了4万步，看看最后的结果： 我们模拟了4万步，看看最后的结果：
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 {{ :adf:ewall03.png?450 }} {{ :adf:ewall03.png?450 }}
  
-可以看到整个过程中，水分子都局限在中间的一个区域内，并形成了水簇。+可以看到整个过程中，水分子都局限在中间的一个区域内。View - Periodic - Map Atoms To (-0.5..0.5)，Cell平移到与Input一样的格式。
adf/ewall.1572964038.txt.gz · 最后更改: 2019/11/05 22:27 由 liu.jun

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