这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:ewall [2018/10/31 12:01] – liu.jun | adf:ewall [2022/12/27 09:55] (当前版本) – [在ReaxFF中设置阻碍原子穿越的弹性墙壁] liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
======在ReaxFF中设置阻碍原子穿越的弹性墙壁====== | ======在ReaxFF中设置阻碍原子穿越的弹性墙壁====== | ||
+ | **以下内容针对2019.3之前的版本。**2022以后的版本参考[[adf: | ||
- | ReaxFF增加了一个功能,允许用户指定一个弹性墙壁,原子穿越该墙壁,需要较高能量,用户可以设置墙壁的宽度、高度(以能量为单位)。原子撞击到墙壁的时候会被弹回,但墙壁本身不是由原子组成,就是一个纯粹的势垒而已。 | + | ReaxFF允许用户指定一个弹性墙壁,原子穿越该墙壁,需要较高能量,用户可以设置墙壁的宽度、高度(以能量为单位)。原子撞击到墙壁的时候会被弹回,但墙壁本身不是由原子组成,就是一个纯粹的势垒而已。 |
- | + | ||
- | [[https:// | + | |
=====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
- | 基本的建模、参数设置与一般的MD模拟没有差别; | + | 基本的建模、参数设置与一般的MD模拟没有差别。建模的时候,设置了Lattice是30*30*30埃< |
+ | |||
+ | {{ : | ||
- | {{ :adf:ewall01.png?650 }} | + | {{ :adf:ewall00_2.png?650 }} |
- | <color blue>建模的时候,设置了Lattice是30*30*30埃< | + | <color blue> |
{{ : | {{ : | ||
行 18: | 行 19: | ||
<code bash> | <code bash> | ||
cat > geo <<eor | cat > geo <<eor | ||
- | BIOGRF | + | ***GRF |
- | DESCRP | + | DESCRP |
</ | </ | ||
在这部分字段下面增加内容如下: | 在这部分字段下面增加内容如下: | ||
<code bash> | <code bash> | ||
- | EWALL RESTRAINT 1 | + | EWALL RESTRAINT 1 |
- | EWALL RESTRAINT 2 | + | EWALL RESTRAINT 2 |
- | EWALL RESTRAINT 3 | + | EWALL RESTRAINT 3 |
- | EWALL RESTRAINT 1 30.0 1.0 | + | EWALL RESTRAINT 1 17.5 2.5 |
- | EWALL RESTRAINT 2 30.0 1.0 | + | EWALL RESTRAINT 2 17.5 2.5 |
- | EWALL RESTRAINT 3 30.0 1.0 300.0 | + | EWALL RESTRAINT 3 17.5 2.5 300.0 |
</ | </ | ||
- | 表示增加了六面“墙壁”,其中1、2、3表示x、y、z轴方向,1.0表示墙的厚度的一半,300.0表示墙的高度为300.0kcal/ | + | 表示增加了六面“墙壁”,其中1、2、3表示x、y、z轴方向,2.5表示墙的厚度的一半,300.0表示墙的高度为300.0kcal/ |
<code bash> | <code bash> | ||
- | EWALL RESTRAINT 1 | + | EWALL RESTRAINT 1 |
</ | </ | ||
- | 表示在垂直于x轴,在垂直于x=0.0的位置,有一个“墙壁”,墙的位置是0.0-1.0到0.0+1.0,厚度为2.0埃,高度为300.0kcal/ | + | 表示在垂直于x轴,在垂直于x=-17.5的位置,有一个“墙壁”,厚度为2.5埃(由于30埃增加了5埃,这5埃就是墙的厚度),高度为300.0kcal/ |
- | **注意:确保没有分子在墙的里面。** | + | **<color blue> |
+ | =====注意===== | ||
+ | - 确保没有分子在墙里面。 | ||
+ | - 凡是修改过*.run文件,就不能再在图形界面里面去保存任务了,否则图形界面会按照图形窗口里面的参数设置,重新覆盖掉这些手动修改过的内容。直接运行任务即可。 | ||
=====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
我们模拟了4万步,看看最后的结果: | 我们模拟了4万步,看看最后的结果: | ||
行 42: | 行 46: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 可以看到整个过程中,水分子都局限在中间的一个区域内,并形成了水簇。 | + | 可以看到整个过程中,水分子都局限在中间的一个区域内。View - Periodic - Map Atoms To (-0.5..0.5),Cell平移到与Input一样的格式。 |