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adf:diffusionrdf [2023/05/27 18:00] – [结果分析] liu.jun | adf:diffusionrdf [2023/05/27 18:09] (当前版本) – [通过径向分布函数(RDF)考察扩撒情况] liu.jun | ||
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======通过径向分布函数(RDF)考察扩撒情况====== | ======通过径向分布函数(RDF)考察扩撒情况====== | ||
这里我们用一个简单的例子来演示径向分布函数与扩散的关系。径向分布函数简单的说,是用来描述原子或分子间距的分布情况的一个函数,横坐标是间距,纵坐标是分子子对或原子对处于该间距的相对几率。例如对标准晶体,原子的径向分布函数会有一些尖锐的峰,这些峰的横坐标就是各种原子间距值。峰与峰之间的y值为0,即表示没有原子之间的间距为这些值。 | 这里我们用一个简单的例子来演示径向分布函数与扩散的关系。径向分布函数简单的说,是用来描述原子或分子间距的分布情况的一个函数,横坐标是间距,纵坐标是分子子对或原子对处于该间距的相对几率。例如对标准晶体,原子的径向分布函数会有一些尖锐的峰,这些峰的横坐标就是各种原子间距值。峰与峰之间的y值为0,即表示没有原子之间的间距为这些值。 | ||
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+ | 该功能适合于AMS中普通力场、机器学习力场、反应力场以及第一性原理的分子动力学。这里仅仅以一般力场为例演示,其他计算方法,除了Main窗口(方法本身参数)的设置不同,其他完全相同。 | ||
=====模型===== | =====模型===== | ||
这里首先在Builder中,以较小的Cell填充适量的庚烷,然后直接将Cell尺寸改大到50埃,然后在Model → Region中去掉出现的Region,然后在Builder中只添加1300水分子,如此庚烷与水是分离开的。 | 这里首先在Builder中,以较小的Cell填充适量的庚烷,然后直接将Cell尺寸改大到50埃,然后在Model → Region中去掉出现的Region,然后在Builder中只添加1300水分子,如此庚烷与水是分离开的。 | ||
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类似计算最后50帧的RDF数据,同样保存为文本文件。 | 类似计算最后50帧的RDF数据,同样保存为文本文件。 | ||
- | 由于两个数据横坐标是一致的,因此在Excel表格中,可以做出曲线比较(其中系列2是扩撒前的,系列1是扩撒后的): | + | 由于两个数据横坐标是一致的,因此在Excel表格中,可以做出曲线比较(其中系列1是扩撒前的,系列2是扩撒后的): |
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- | 可以看到扩撒后,短距离区域的RDF值大幅提升,表示两种分子较为充分地接触了,如果模拟时间足够长,RDF在这部分区域将进一步增大,直到平衡。 | + | 可以扩撒后,短距离区域的RDF值大幅提升,即两种分子近距离接触的几率变大了很多,也就表示两种分子较为分子充分地接触了,如果模拟时间足够长,RDF在这部分区域将进一步增大,直到平衡。而扩散前,两种分子近距离接触的几率就明显很小。 |