adf:diffusionrdf
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| adf:diffusionrdf [2023/05/27 17:47] – [通过径向分布函数考察扩撒情况] liu.jun | adf:diffusionrdf [2023/05/27 18:09] (当前版本) – [通过径向分布函数（RDF）考察扩撒情况] liu.jun | ||
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| - | ======通过径向分布函数RDF考察扩撒情况====== | + | ======通过径向分布函数（RDF）考察扩撒情况====== |
| 这里我们用一个简单的例子来演示径向分布函数与扩散的关系。径向分布函数简单的说，是用来描述原子或分子间距的分布情况的一个函数，横坐标是间距，纵坐标是分子子对或原子对处于该间距的相对几率。例如对标准晶体，原子的径向分布函数会有一些尖锐的峰，这些峰的横坐标就是各种原子间距值。峰与峰之间的y值为0，即表示没有原子之间的间距为这些值。 | 这里我们用一个简单的例子来演示径向分布函数与扩散的关系。径向分布函数简单的说，是用来描述原子或分子间距的分布情况的一个函数，横坐标是间距，纵坐标是分子子对或原子对处于该间距的相对几率。例如对标准晶体，原子的径向分布函数会有一些尖锐的峰，这些峰的横坐标就是各种原子间距值。峰与峰之间的y值为0，即表示没有原子之间的间距为这些值。 | ||
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| + | 该功能适合于AMS中普通力场、机器学习力场、反应力场以及第一性原理的分子动力学。这里仅仅以一般力场为例演示，其他计算方法，除了Main窗口（方法本身参数）的设置不同，其他完全相同。 | ||
| =====模型===== | =====模型===== | ||
| 这里首先在Builder中，以较小的Cell填充适量的庚烷，然后直接将Cell尺寸改大到50埃，然后在Model → Region中去掉出现的Region，然后在Builder中只添加1300水分子，如此庚烷与水是分离开的。 | 这里首先在Builder中，以较小的Cell填充适量的庚烷，然后直接将Cell尺寸改大到50埃，然后在Model → Region中去掉出现的Region，然后在Builder中只添加1300水分子，如此庚烷与水是分离开的。 | ||
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| - | 可以看到扩撒后，短距离区域的RDF值大幅提升，表示两种分子较为充分地接触了，如果模拟时间足够长，RDF在这部分区域将进一步增大，直到平衡。 | + | 可以扩撒后，短距离区域的RDF值大幅提升，即两种分子近距离接触的几率变大了很多，也就表示两种分子较为分子充分地接触了，如果模拟时间足够长，RDF在这部分区域将进一步增大，直到平衡。而扩散前，两种分子近距离接触的几率就明显很小。 |
adf/diffusionrdf.1685180830.txt.gz · 最后更改: 2023/05/27 17:47 由 liu.jun