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adf:dftmd-band [2020/11/30 16:45] – liu.jun | adf:dftmd-band [2024/05/09 08:33] (当前版本) – liu.jun | ||
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- | ======如何进行基于DFT的周期性边界分子动力学模拟====== | + | ======AIMD教程====== |
ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能(目前正在不断完善中,有兴趣的用户可以尝试使用): | ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能(目前正在不断完善中,有兴趣的用户可以尝试使用): | ||
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- | Model > MD设置分子动力学参数,Number of steps是模拟的步数,步长一般0.25fs是比较合适的,所以这个例子里面模拟了2.5ps。Sample Frequency是指每100步保存一次原子运动轨迹。 | + | MD模拟,一般容易出现远离平衡结构的一些构型,从而导致SCF难以收敛,因此需要降低收敛条件: |
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+ | 这里设置了电子温度为0.2eV,因此电子能级出现偶然简并的情况,也能够正确收敛。注意电子温度与实际温度,在定义上导致了二者没有直接关系。Criterion是SCF收敛标准,虽然这个值会自动根据Numerical Quality以及体系的大小自动调整,但我们还是可以人为的增大这个值,降低收敛的标准,例如0.00005,体系越大,这个值也可以设置的越大。这两个值设置的越大,SCF收敛越快,MD也就越快,也会降低精度。 | ||
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+ | Model > MD设置分子动力学参数,Number of steps是模拟的步数,步长一般0.25fs是比较合适的,所以这个例子里面模拟了2.5ps。Sample Frequency:10是指每10步保存一次原子运动轨迹。 | ||
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- | 如果要实现温度变化,参考[[adf: | + | 点击Thermostat后面的> |
===NVT系综的设置=== | ===NVT系综的设置=== | ||
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- | 只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature(与前面的温度一致)、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间(在达到指定温度前,温度随机震荡),一般默认设置100fs,也可以降低为10fs,对结果影响不大。 | + | 只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间(在达到指定温度前,温度随机震荡),一般默认设置100fs,也可以降低为5fs,对结果影响不大。 |
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+ | **恒温:**温度如果只设置了一个,则不需要设置Duration(s),整个模拟过程都是该温度 | ||
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+ | **包含保温过程:**总之,Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如上图所示的设置,表示:起始温度298K,经历3000步升温到1300K,然后保温3000步,然后经历3000步升温到4300K,然后保温20000步,然后经历3000步降温到298K,298K直到结束。 | ||
===NPT系综的设置=== | ===NPT系综的设置=== | ||
- | 设置与NVT类似。 | + | 在Thermostat设置的基础上增加Barostat的设置,压强的设置方式类似温度。 |
保存run文件并直接运行任务,参考:[[adf: | 保存run文件并直接运行任务,参考:[[adf: | ||
- | 结果查看: | + | ====基元反应分析==== |
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+ | 轨迹保存在*results/ | ||
- | 轨迹保存在*results/ | + | 如果使用AMS2024及其以上版本,在Movie |