adf:buildpolymer

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--- adf:buildpolymer [2016/05/18 17:13] – 创建 liu.jun
+++ adf:buildpolymer [2019/12/09 11:22] (当前版本) – liu.jun
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 ======聚合物的建模======
+=====创建模型=====
+以下以聚乙烯为例说明，使用AMS2019.301完成。
-[[http://pan.baidu.com/s/1eQg2PX4|高清视频教程下载（点击）]]
+第一步：先创建两个单体，并使用MOPAC简单优化：
-视频教程的补充说明：
+ {{ :adf:polimor01.png?650 }}
-范例中，使用dftb，不断缩短lattice，不优化lattice的条件下优化聚合物，这一步中，如果固定需要等价原子（在本例中是氧原子），效率更高，可靠性也更好。
+第二步：选中两个单体中的等价原子，从而测量聚合物重复单元的长度，例如本例，长度为252.3pm=2.523埃：
-在得到较为可靠的结构之后，可以释放对氧原子的固定、释放对lattice的限制，让体系处于不受外力限制的状态下进行优化。
+ {{ :adf:polimor02.png?650 }}
-MOPAC模块固定原子的操作：details-Geometry optimization。在左边窗口选中需要固定的原子，然后在右边窗口的Freeze atoms点击“+”，则将左边选中的原子固定（选中原子后，点击“-”是取消该选中原子的固定）
+并将该方向设置为x轴：Edit - Align - With X-Axes，View - Axes可以查看坐标轴
-DFTB模块固定原子的操作：Model-Geometry Constraints。在左边窗口选中需要固定的原子，然后在右边窗口的Freeze selected atoms点击“+”。“-”号表示取消固定。
+第三步：删掉其他原子，只保留一个重复单元，并切换到DFTB、MOPAC，需要设置Main - Periodicity：Chain
+ {{ :adf:polimor03.png?650 }}
+第四步：修改晶格常数为2.523，菜单栏Bonds - Guess Bonds：
+ {{ :adf:polimor08.png?650 }}
+初步模型就创建好了。
+=====优化模型=====
+DFTB模块、MOAPC均可以优化，不过DFTB需要选择参数，MOPAC默认参数就可以。本例单胞太小，因此需要做超胞，这里只做二倍的超胞（Edit - Crystal - Generate Super Cell - 默认是2倍因此直接点OK）
+ {{ :adf:polimor05.png?650 }}
+ {{ :adf:polimor06.png?650 }}
+保存任务，运行结束后，即可得到优化后的结构：
+ {{ :adf:polimor07.png?650 }}

adf/buildpolymer.1463562822.txt.gz · 最后更改: 2016/05/18 17:13 由 liu.jun

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