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adf:bsse [2017/03/06 18:18] – [如何消除BSSE] liu.jun | adf:bsse [2020/11/21 11:54] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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- | ====== 如何计算BSSE ====== | ||
- | =====BSSE的含义===== | ||
- | 简单的说,就是计算结合能的时候,需要统一基函数,这样才更加严格。例如我们计算两个水分子形成氢键的结合能,首先需要计算两个孤立的水分子的能量,然后再计算总的能量,二者想减就得到结合能——我们通常会这样做。而做的过程中,我们设置的基组一般也会保持一致,例如计算孤立水分子的时候,我们使用了DZP基组、None Frozen Core,那么计算两个水分子形成的复合体系时候,也会确保每个原子的基组,都跟前面一致,而同样选择DZP基组、None Frozen Core;如果对于更大原子,计算单体的时候选了TZ2P基组,那么计算复合体系的时候,对该原子也需要选择TZ2P基组。 | ||
- | 不过这并不够,原因是我们计算其中一个单体(例如水分子)的时候,基函数包括这个单体的原子对应的基函数,但却没有复合体系中其他单体的原子对应基函数;而计算整个复合体系的时候,基函数则是使用了所有单体的所有原子的基函数。因此,这样做的话,复合体系使用的基函数规模实际上是大于单体计算的,这会导致复合体系的能量偏低(因为DFT是一个变分理论,基函数越多,变分空间就越大,能量会越低,当然也有个收敛值,不是无限低下去),也就导致结合能偏高。这个偏差就叫做BSSE。 | ||
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- | 一般而言,接触面积越大BSSE越大,一般小分子之间的接触面积很小,BSSE可以忽略。 | ||
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- | =====如何消除BSSE===== | ||
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- | 我们全程保证每个计算都使用相同的基函数就可以了。如何保证呢?这就要借助ADF图形界面里面的Ghost原子的功能。该功能实际上就是将设置为Ghost的原子做一个设定:该原子在计算中只贡献对应的基函数,既没有电子,也没有原子核。 | ||
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- | 我们用H2和苯分子之间的BSSE来举例: | ||
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- | 1,首先需要对苯+H2的复合体系进行结构优化,几何结构优化的使用可以参见[[adf: | ||
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- | 2,基于优化好的复合体系的分子结构,先计算Single Point能量,参数设置参见[[adf: | ||
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- | 3,如下图所示,计算H2单体的能量(需要将苯设置为Ghost): | ||
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- | 然后参数设置(如基组、泛函等等)与2一致,计算Single Point能量。这样得到的能量,就是H2的能量,计算的时候,基函数包含了H2的基函数,也包含苯的基函数。但没有苯的电子、原子核参与计算。 | ||
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- | 4,类似地,计算苯单体的能量(需要将H2设置为Ghost) | ||
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- | 然后参数设置(如基组、泛函等等)与2一致,计算Single Point能量。这样得到的能量,就是苯的能量,计算的时候,基函数包含了苯的基函数,也包含H2的基函数。但没有H2的电子、原子核参与计算。 | ||
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- | 5,如此得到的复合体系的总能量减去单体的能量(即3, | ||
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- | ADF软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见**费米科技维基百科:[[adf: |