adf:bondpath

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--- adf:bondpath [2019/12/08 00:43] – [临界点的详细信息] liu.jun
+++ adf:bondpath [2023/11/16 20:38] (当前版本) – [氢键强弱] liu.jun
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-======如何使用AIM方法计算键径和键临界点、环临界点，以及临界点电子密度、密度梯度、能量密度、多种能量密度变化率======
+======如何使用AIM方法计算键径和键临界点、环临界点，以及临界点电子密度、密度梯度、能量密度、多种能量密度变化率、氢键强弱======
 以苯为例进行说明：
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 {{ :adf:bondpath03.png?650 |}}
-灰白色的球是(3,-3)，与原子核位置一致，绿色的球是环临界点，红色的球是键临界点，线条是键径。
+灰白色的球是(3,-3)，与原子核位置一致，绿色的球是环临界点，红色的球是键临界点，线条是键径。鼠标放置在CP上时，会显示坐标值，该坐标值单位为Bohr，1 Bohr=0.52917721 Å，而Out文件中显示的坐标单位是Å。
 点击窗口左下方AIM > Show details，可以看到表示原子、键、环、笼临界点的小球的各种颜色，例如：
@@ 行 77: / 行 77: @@
                 Qxc =    0.4417219E+01
 </code>
+其中：
+  - CP COORDINATES：临界点的坐标
+  - Rho：电子密度
+  - |GRAD(Rho)|：电子密度的梯度的模
+  - GRAD(Rho)x：电子密度x方向梯度
+  - Laplacian：电子密度的Laplacian运算值
+  - (-1/4)Del<sup>2</sup>(Rho))：Laplacian的1/4
+  - Metallicity：Jenkins' metallicity (eq 67 in Comput.Theor.Chem. 2015,1053,112)
+  - Ellipticity：椭圆率
+  - delta_ex、delta_ec、delta_et：能量变化率（eqs 24 and 25 in Phys.Chem.Chem.Phys. 2014,16,14539）
+  - delta_u, delta_s, delta_t： evaluation of CP inhomogeneity descriptors，也就是variation rates for the (reduced) density gradient（eq5 in J.Phys.Chem.A 2009,113,12322 and eq27 in Phys.Chem.Chem.Phys. 2014,16,14539），the double integral is evaluated numerically using standard Gauss-Legendre quadrature
+  - inhom_s, inhom_ex：inhomogeneity lengths (eqs 5 and 8 in Chem.Phys.Lett. 2013,579,122)
+  - Gb(Abramov),Vb(Abramov),Hb(Abramov): Abramov's ActaCryst. 1997,153,264，也可以参考： eqs 1 and 2 in Chem.Phys.Lett. 1998,285,170。其中 G_abramov   = cTF*CPpoints(i,4)**F53 + F16*laplacian， V_abramov   = F14*laplacian - two*G_abramov， H_abramov   = G_abramov + V_abramov
+  - ex_ueg, ec_ueg：DFT energy densities from the uniform electron gas (UEG)，Dirac-Slater exchange is used，correlation: 2/2 Pade approximant (eq 23 in Phys.Chem.Chem.Phys. 2014,16,14539)
+  - Pxc, Qxc：eqs 9 and 12 in J.Chem.Phys. 2010,132,211101
+====氢键强弱====
+电中性体系的氢键键能估算：E$_{HB}$ = -223.08*ρ$_{BCP}$+0.7423，其中ρ$_{BCP}$为氢键BCP处电子密度，单位为a.u.（ADF默认输出的电子密度单位即a.u.），E$_{HB}$单位为kcal/mol，参考:
+  * Emamian, S., Lu, T., Kruse, H., and Emamian, H., 2019, Exploring nature and predicting strength of hydrogen bonds: A correlation analysis between atoms‐in‐molecules descriptors, binding energies, and energy components of symmetry‐adapted perturbation theory, J. Comput. Chem., 40 (32), 2868–2881.

adf/bondpath.1575737036.txt.gz · 最后更改: 2019/12/08 00:43 由 liu.jun

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