adf:2021generaterxmolfra

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--- adf:2021generaterxmolfra [2022/05/27 14:01] – [使用方法] liu.jun
+++ adf:2021generaterxmolfra [2023/07/21 14:49] (当前版本) – [使用方法] liu.jun
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-======2021版中，ReaxFF如何生成旧版中的RXMOLFRA文件======
+======2021以后的版本中，ReaxFF如何生成旧版中的RXMOLFRA文件======
-旧版中的RXMOLFRA文件包含每一帧动画中，各种分子的个数信息列表。2021版中，默认不再生成该文件，需要用户通过一个简单的{{ :adf:mols_in_traj.rar |Python脚本（下载后请解压）}}生成。
+旧版中的RXMOLFRA文件包含每一帧动画中，各种分子的个数信息列表。2021版以后，默认不再生成该文件，需要用户通过一个简单的{{ :adf:mols_in_traj.rar |Python脚本（下载后请解压）}}生成。
 =====使用方法=====
-将该脚本放入ams2021.*/scripting/standalone/reaxff-ams/中（当然也可以放入其他地方都可以，执行命令行的时候，输入路径即可）。打开ams_command_line.bat，输入sh回车，从而进入脚本环境。**然后通过简单的cd命令，进入作业所在的目录中**，通过如下命令，生成该文件：
+将该脚本放入ams202*.*/scripting/standalone/reaxff-ams/中（当然也可以放入其他地方都可以，执行命令行的时候，输入路径即可）。打开AMSJobs，**在AMSJobs窗口进入作业的*.results所在文件夹**，然后菜单栏 Help → Command-line 输入sh回车，从而进入脚本环境。通过如下命令，生成该文件：
 <code>
-amspython $AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/mols_in_traj.py *.results > RXMOLFRA
+amspython $AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/mols_in_traj.py *.results > RXMOLFRA.txt
 </code>
-其中*替换为作业的名字，RXMOLFRA是生成的文件。
+**其中*替换为作业的名字**，RXMOLFRA.txt 是生成的文件。
+文件内容类似：
+<code>
+Step:            0
+Molecules:    600
+x CH4
+x O2
+Step:          100
+Molecules:    600
+x CH4
+x O2
+Step:          200
+Molecules:    600
+x CH4
+x O2
+Step:          300
+Molecules:    600
+x CH4
+x O2
+Step:          400
+Molecules:    600
+x CH4
+x O2
+Step:          500
+Molecules:    600
+x CH4
+x O2
+Step:          600
+Molecules:    600
+x CH4
+x O2
+</code>
+Step列出步数，然后下面列出分子个数和分子式。

adf/2021generaterxmolfra.1653631302.txt.gz · 最后更改: 2022/05/27 14:01 由 liu.jun

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