将本地的*run文件上传到集群(如果是使用SSH Secure Shell,可以在Edit-Setting-File Transfer中ASCII extension中将某个不常用的后缀,例如html改为run,可以避免Windows/Linux文件格式不兼容的问题。),同时从管理员得到标准的pbs脚本或lsf脚本,在理解含义的前提下,类似如下地修改: LSF脚本范本:
#!/bin/sh APP_NAME=intelg_small NP=16 NP_PER_NODE=4 RUN="RAW" source /home-gg/users/nscc1143/ADF/ams2020.101/amsbashrc.sh export OMP_NUM_THREADS=1 !如果是ReaxFF作业建议增加这一行 JOBNAME= dos2*unix ./${JOBNAME}.run chmod 700 ./${JOBNAME}.run mkdir ${JOBNAME} mv ./${JOBNAME}.run ${JOBNAME} cd ${JOBNAME} mkdir /tmp/${JOBNAME} export SCM_TMPDIR=/tmp/${JOBNAME} ./${JOBNAME}.run >${JOBNAME}.out rm -rf $SCM_TMPDIR mv ams.results ${JOBNAME}.results mv logfile ${JOBNAME}.logfile mv * ../ cd .. rm -rf ${JOBNAME}
用户将该脚本和run文件与脚本文件放到同一个文件夹内,并在上述脚本文件中
JOBNAME=
填写上具体的名字即可提交,例如上传的文件是123.run,则JOBNAME=123。
AMSJobs → Queue → New → LSF即可设置。 说明如下:
#!/bin/bash #PBS -N cc #PBS -l nodes=1:ppn=20 #PBS -q long #PBS -j oe #PBS -l walltime=168:00:00 NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` cd $PBS_O_WORKDIR source /home-gg/users/nscc1143/ADF/ams2020.101/amsbashrc.sh export OMP_NUM_THREADS=1 !如果是ReaxFF作业建议增加这一行 JOBNAME= dos2*unix ./${JOBNAME}.run chmod 700 ./${JOBNAME}.run mkdir ${JOBNAME} mv ./${JOBNAME}.run ${JOBNAME} cd ${JOBNAME} mkdir /tmp/${JOBNAME} export SCM_TMPDIR=/tmp/${JOBNAME} ./${JOBNAME}.run >${JOBNAME}.out rm -rf $SCM_TMPDIR mv ams.results ${JOBNAME}.results mv logfile ${JOBNAME}.logfile mv * ../ cd .. rm -rf ${JOBNAME}
用户将该脚本和run文件与脚本文件放到同一个文件夹内,并在上述脚本文件中
JOBNAME=
填写上具体的名字即可提交,例如上传的文件是123.run,则JOBNAME=123。
如果是进行片度分析,那么参考:Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务
在登录节点或管理节点打开AMSJobs → Queue → New → PBS,上面脚本内容,对应的设置如下:
说明如下:
如果运行有问题,可以咨询ams@fermitech.com.cn。