ADF Highlight:DNA/RNA 横向电流测序 – 来自邻近碱基的固有结构噪音

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参考文献:

Alvarez, D. Skachkov, S. Massey, A. Kalitsov, and J. Velev, DNA/RNA transverse current sequencing: Intrinsic structural noise from neighboring bases, Frontiers in Genetics 6, 213 (2015)

目前通过纳米孔截面电流进行DNA测序的技术有很多优点,但是碱基测错率还是较高。我们需要发现这些噪音的源头,发展新方法去减少这些错误。在最近的一篇文献中,一个通过ADF软件第一性原理计算得到的有效的多轨道紧束缚模型,已经用于计算通过DNA/RNA分子的横向电流。

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横向电流DNA测序的建立:在纳米孔中嵌入的金属电极之间,移动一个单链DNA分子

 

在鉴别核酸中很重要的错误来源是来自电流通过邻近的碱基,由于沿着分子链的载流子色散。与此同时,这也意味着与电流通过邻近碱基相关。这种相关性能够将不同碱基对电流的特征性贡献区分开,从而能够辨别不同碱基,以此方式减少错误率。

使用到ADF的功能:

Fragment Analysis, Fragment Molecular Orbitals, Charge Transport

 
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